报道说，在疫情开始时，大多数人也希望日本的卫生基础设施能够应对这一挑战。然而，随着疫情的发展，日本原有的医疗制度优势在疫情中起了反作用。例如，最初面向普通和预防性护理的私立医院缺乏对这一流行病迅速作出反应的灵活性。与病床数量相比，医生数量不足已成为疫情较为突出的关键弱点。
日本医疗体系以私立医院为主，占全国8300家医疗机构的70%。在正常情况下，民营医院的竞争提高了服务水平，但在突发公共卫生事件中，竞争会导致协调不足:一些地方的医疗机构床位空置，可以容纳COVID-19患者，而其他医疗机构的负担则难以承受。
与美国和欧洲联盟不同，日本没有一个中央一级的协调机构，将病人或医务人员从拥挤不堪的医院转移到能力过剩的医院。
去年12月，由于新冠肺炎患者激增，大阪和北海道的医疗系统面临巨大压力，日本不得不从自卫队派出医务人员协助。与此同时，剩余的州、县有大量的未利用资源。
森田由之(Morita Yoyuki)是一名医学记者，也是日本南部鹿儿岛一家诊所的医生。据他说，鹿儿岛只有两名患有新冠的重病患者，目前几乎没有人。“日本的医疗体系缺乏对情况做出快速反应的灵活性，比如转移病人或重新分配医务人员——你可以在欧洲这样做，但在日本不行。”
